[求救] imageJ定量SDS-PAGE的強度

看板Biotech (生命科學)作者 (mor05431)時間3年前 (2021/08/07 18:05), 3年前編輯推噓1(1022)
留言23則, 4人參與, 3年前最新討論串1/1
實驗方式 我是做蛋白質純化的大專生,我純化出數個帶有不同突變的相同蛋白質,用Bradford定量 到相同濃度後要做assay。 為了確保我不同時間做的定量結果都是相同的,所以我會把這些蛋白質在SDS PAGE上跑膠 ,用imageJ分析band的強度。 我用imageJ定量的方式 1. 選取我要定量的區域以及相同面積的背景 https://i.imgur.com/hiAAPuR.jpg
2. 定量強度 https://i.imgur.com/NkiMPPw.jpg
3.選擇疊圖 https://i.imgur.com/GwgimB6.jpg
4.疊圖 https://i.imgur.com/WgGBlRU.jpg
遇到的問題 因為我發現我的背景值並不均勻,希望用疊圖的方式消去背景。但好像沒有疊圖後再做面 積定量的網路教學,疊圖後原本的面積定量功能(那個魔法棒?)就不能用了,我也自己 摸索了一陣子都沒有頭緒。 想請問的問題 想請問各位先進,該如何利用imageJ疊圖並去除背景值。上述方法是我自己摸索出來的, 不確定是不是有更合適的方式。如果有其他方法也可以,謝謝各位! 更:解決方法 後來問到隔壁實驗室的方法。是分別定sample跟背景值的訊號再相減,很簡單就解決了哈 哈哈。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 110.30.0.230 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1628330708.A.0C4.html

08/07 21:33, 3年前 , 1F
如果用眼睛看不出背景有無差別的話,其實沒有必要去消耶
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08/07 21:34, 3年前 , 2F
如果要的話,我是土法煉鋼定出每個lane的強度,丟進EXCEL
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給他自己去減去
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08/07 21:36, 3年前 , 4F
有時候太仰賴電腦定量反而會造成最後結果失真,個人經驗啦
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08/07 21:37, 3年前 , 5F
定量結果最好還是要符合眼睛看到的,畢竟放上論文或期刊的是
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膠圖本人,口委或審稿人通常還是眼見為憑
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但像是我第二張圖片左邊跟右邊的起始值有落差,雖然訊
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號高度差不多但是要怎麼選最低點實在有點為難。
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而且我這剛好是濃度有一樣的sample, 其他的突變在膠圖上
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的濃度肉眼就看的出有差距,需要用imageJ定量修正做assa
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y時的加入量,所以還是希望要修正的話就修到最好不要被
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背景值影響
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但還是謝謝C大的建議,我沒有想過可以直接丟excel去算,
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08/07 23:15, 3年前 , 14F
我會試試看的!
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※ 編輯: mor05431 (110.30.0.230 臺灣), 08/08/2021 19:15:16

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一般建議背景值不要選同一個 lane。取隔壁的吧,一條就夠了
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08/08 22:16, 3年前 , 17F
請問l大,有什麼特別的理由嗎~
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我自己覺得同一條lane的疊圖起來比較漂亮才這麼選的,
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不知道一般大家怎麼選的。
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08/09 13:45, 3年前 , 20F
2不能當背景,要選背景應該是1的第四或第五lane
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08/10 08:57, 3年前 , 21F
有可能純化不夠好,上面有雜物。所以選隔壁。
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08/10 09:00, 3年前 , 22F
b大有提到選第五,這是怕第三的樣本不小心跑到第四去
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08/10 21:14, 3年前 , 23F
了解,我會比較看看這些方法 謝謝!
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文章代碼(AID): #1X3bhK34 (Biotech)
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