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[求救] RFLP 遇到snp 該如果確定

看板Biotech (生命科學)作者 (台中彭于晏)時間3年前 (2021/10/25 15:44), 編輯推噓2(2推 0噓 11→)
留言13則, 6人參與, 3年前最新討論串1/1
餓死抬頭啦 小弟目前在做RFLP發現有一段序列不管怎麼切原本的template都還是在（但也看出來有切 動） 那去看定序結果的訊號圖，訊號都是完整的 小弟在懷疑有沒有可能是有snp 的狀況 想問各位大大有沒有遇過類似的情況或是說知道該如何證明那段有snp 感恩各位祝大家實驗順利 最後附上結果圖給大家參考 圖上可以看到100-200b.p.有切下來的產物 但是300-400b.p.原本的template依然存在 酵素效率為10U，template為100ng，作用12小時 https://i.imgur.com/kXo6Tqg.jpg
-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.82.112.87 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1635147880.A.1AB.html
推
10/25 16:48, 3年前 , 1F
知道序列的話可以設計taqman probe去做validation
10/25 16:48, 1F
→
10/25 16:49, 3年前 , 2F
以及切不動不知道有沒有排除甲基化的可能
10/25 16:49, 2F
→
10/25 18:30, 3年前 , 3F
為什麼看定序結果是完整的,會去聯想到SNP的狀況
10/25 18:30, 3F
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10/25 19:52, 3年前 , 4F
你的 template 是怎麼來的？PCR？
10/25 19:52, 4F
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10/25 21:47, 3年前 , 5F
另外，一般我遇到這種狀況，首先考慮酵素壞掉了，手上
10/25 21:47, 5F
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10/25 21:47, 3年前 , 6F
有plasmid有這個切位的拿來切切看？
10/25 21:47, 6F
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10/26 16:42, 3年前 , 7F
你的 template只有一個切位，然後下 10U切100ng，12小時？
10/26 16:42, 7F
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10/26 16:42, 3年前 , 8F
這是有多難切
10/26 16:42, 8F
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10/27 02:46, 3年前 , 9F
你沒切完的部分其實蠻多的，定序結果也都很清楚，我
10/27 02:46, 9F
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10/27 02:46, 3年前 , 10F
覺得SNP就不太可能，你可能要考慮酵素會不會壞了，
10/27 02:46, 10F
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10/27 02:46, 3年前 , 11F
或是你的template不夠乾淨
10/27 02:46, 11F
推
10/27 21:34, 3年前 , 12F
切膠 純化 定序
10/27 21:34, 12F
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10/27 21:34, 3年前 , 13F
但覺得應該是酵素活性沒100%
10/27 21:34, 13F
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