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[求救] DNase I 與NGS關係

看板Biotech (生命科學)作者 (CY)時間4月前 (2024/06/27 10:27), 4月前編輯推噓4(4推 0噓 13→)
留言17則, 8人參與, 4月前最新討論串1/1
當初抽RNA以及建庫的時候沒有加入DNase I 請問定序出來分析的結果有可信性嗎？或者說能怎麼調整呢..... 當初沒有加是抽RNA KIT的廠商說不用加也沒影響的........ 但後來因為RNA QC不佳有多做RNA Clean Up....... 現在不曉得DNA會不會干擾到RNA分析.....謝謝.... TAT ----- Sent from JPTT on my Asus ASUS_I006D. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 39.15.57.61 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1719455253.A.CB9.html
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06/27 15:16, 4月前 , 1F
沒有做O/E的話不太會抽到dna
06/27 15:16, 1F
※ 編輯: IFN113 (39.15.57.61 臺灣), 06/27/2024 16:21:20
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06/27 20:11, 4月前 , 2F
真的嗎? 如果是,一般RT-PCR何必在意primer有無跨intron
06/27 20:11, 2F
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06/27 21:33, 4月前 , 3F
會不會有DNA污染要看你用的Kit是哪一種；會不會有干擾
06/27 21:33, 3F
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06/27 21:33, 4月前 , 4F
要看你的 RNA-seq 廠商是怎麼做的
06/27 21:33, 4F
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06/28 09:01, 4月前 , 5F
應該是有的基因沒有intron，且不是每個probe都跨intr
06/28 09:01, 5F
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06/28 09:01, 4月前 , 6F
on？如果怕自己手殘直接花錢請待抽，才不會想東想西
06/28 09:01, 6F
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06/28 09:01, 4月前 , 7F
，老闆也少一個藉口。
06/28 09:01, 7F
推
06/28 23:23, 4月前 , 8F
DNA會影響RNA-seq的...先確定sample裡的DNA汙染程度
06/28 23:23, 8F
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06/28 23:24, 4月前 , 9F
看個Fragment分析就知道了。也要問一下你的RNA-seq是否
06/28 23:24, 9F
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06/28 23:25, 4月前 , 10F
可以排除DNA汙染 很久沒碰了 或許現在新技術可以無視XD
06/28 23:25, 10F
推
06/30 14:43, 4月前 , 11F
我很想知道o/e是什麼意思
06/30 14:43, 11F
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06/30 19:24, 4月前 , 12F
通常是指 over expression，丟plasmid進細胞，plasmid
06/30 19:24, 12F
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06/30 19:24, 4月前 , 13F
在早期copy number會很高而且plasmid的大小讓它很容易
06/30 19:24, 13F
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06/30 19:24, 4月前 , 14F
混在RNA裡面
06/30 19:24, 14F
推
07/01 06:42, 4月前 , 15F
如果你rna-seq library 有做polyA selection 那應該是
07/01 06:42, 15F
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07/01 06:42, 4月前 , 16F
不用擔心DNA的問題
07/01 06:42, 16F
推
07/07 16:49, 4月前 , 17F
你的情況通常不用管DNA的問題
07/07 16:49, 17F
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