Re: [板友] cytospin

看板Medicine (醫學生物)作者cytospin (無心)時間16年前 (2008/05/31 12:40)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《HIbaby (燃燒吧! 嗨~北鼻!)》之銘言： : ※ 引述《cytospin (無心)》之銘言： : : 我之前有想過另外一個lab的人其實也有做過 : : 可是因為 HDACi 影響很多基因表現 : : 我們使用的construct in vivo and in vitro都會upregulate after HDACi TRT : : 基本上這樣就不是一個很好的reporter的方式 : : 所以舉凡paper就算做小老鼠也還真少人用這個當marker : : 因為他會影響(upregulate) 表現 : : 所以反而就有人反其道而行利用這個特性然後做其他實驗去了... : 謝謝您的回答 ^^ : 另外, 我在biotech板上有看到你在做癌症轉移 : 小弟目前有個轉錄因子我在猜他可能會影響癌症轉移 : 想問一下, 如我要去嘗試, 你可以推薦幾個實驗或是觀察marker 嗎? : 我的初步構想是, 這個分子過量表現在cancer cell line : 這個cell line會改變形態, 然後降低 e-cadherin? 等或是提高mmp之類的 : 但是我不知道一般人怎麼做 : 另外, 這個因子受TGF-beta誘導表現... 不知道你有何好建議? : ^^ 感謝.. ㄟ諮詢費先拿來(伸) 不然你的paper我要掛名...哈哈哈癌症轉移那是我突發奇想的小計畫自己都快掰不下去了好吧那我就對你做的給點微弱的建議不過不知道你的程度在那兒重點就是多看看別人怎麼做實驗自己先想一下這樣對你的邏輯思考比較有幫助.... 我只給大方向囉 1. 如果你覺得這東西over expression in common cancer cell lines 有空就先做一些screen. 最簡單但是很貴的方法就做tissue array 做一些TGFb 刺激然後up regulate 這個TF -->此時可做Western 或者做個confocal 看TF translocation囉 --> 把現有的細胞invasion comparison --> correlate invasion vs TF expression level + E-cad+MMP 2. 然後找個細胞transfect 這個TF讓他overexpress (很多人都選3t3)_ 然後TGFb刺激也可以當做一個CTR -->因為他會upregulate as well 然後就比較這三組的差異囉包含biology and your possible targets -->比如說 migration, invasion(Matrigel) -->如果是attach cell還可以做wound healing assay --> 測target change--> MMP (zymograph or ELISA), Western E-cad --> 可以做EMSA 看你的TF會不會bind到上述兩個gene 的promotor上 --> 照個照片做morphology變化 3. screen的時候找一些較高表現和滴表現的 --> RNAi 降低那個TF 看是否就能抑制invasion + Ecad+MMP ㄟ這樣應該就夠你做很久了.... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 76.181.229.93