[問題] 有沒有能對分子的密度大小著色的軟體??

看板PhD (博士班)作者 (pete)時間16年前 (2010/02/24 15:33), 編輯推噓3(304)
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假設我有一個分子 (10顆原子) 每個原子上的電荷分怖都不一樣(有正有負) 有沒有什麼分子軟體能先把原子的結構(.xyz) 讀進去 然後可能再讀個電荷密度大小的檔案 然後針對電荷密度的大小 在不同原子上自動著色(color mapping) 一般傳統都是紅->黃->綠->藍 (由密度高到低 或正到負) 我在網路上找了好久 都找不到有支援上述功能的軟體 能否請各位給我一點建議呢??? 感激!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.115.31.141 ※ 編輯: peter308 來自: 140.115.31.141 (02/24 15:41)

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因為一般是要看分子的charge density distribution,
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02/24 19:19, , 2F
你要改原子的顏色,還是連同density也要改色阿?
02/24 19:19, 2F

02/24 19:20, , 3F
妳可以玩一下molden或是Jmol
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02/24 19:31, , 4F
自己寫個程式吧
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02/24 21:16, , 5F
試試看 gnuplot
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02/25 00:09, , 6F
可以用VMD再加APBS
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02/25 01:35, , 7F
樓上的id好眼熟
02/25 01:35, 7F
文章代碼(AID): #1BXDOxcs (PhD)
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