Re: [問題] 有沒有能對分子的密度大小著色的軟體??

看板PhD (博士班)作者peter308 (pete)時間16年前 (2010/02/25 16:44)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《peter308 (pete)》之銘言： : 假設我有一個分子 (10顆原子) : 每個原子上的電荷分怖都不一樣(有正有負) : 有沒有什麼分子軟體能先把原子的結構(.xyz) 讀進去 : 然後可能再讀個電荷密度大小的檔案 : 然後針對電荷密度的大小在不同原子上自動著色(color mapping) : 一般傳統都是紅->黃->綠->藍 (由密度高到低或正到負) : 我在網路上找了好久 : 都找不到有支援上述功能的軟體 : 能否請各位給我一點建議呢??? : 感激!! 不好意思...我可能誤導大家了... 我要算的不是electrostatic potential 也不是electron density 我是用Mulliken Population Analysis去積分一個原子的範圍得到某個電荷量的值所以對某一顆原子來說... 它就只有一個帶電量比方說: -0.5e(e是電子) atom2: 0.5e atom3: 0.75e . . 以此類推 .... 那我想透過某些color mapping 的功能希望軟體在讀我的數據時不光是讀到分子的XYZ結構元素也希望能讀到原子上的帶電量的大小正負並依據color mapping的功能自動在那顆原子上填色不知道有沒有這樣功能的軟體??? 其實應該不像electron density mapping那麼複雜因為我的數據是積分後的electron chagre 而不是density 其實 origin 就有類似把三組數據用color mapped 畫成色階圖... 我要的功能其實很類似只是oigin沒辦法畫出3D分子結構圖.... 所以只能求助各位我剛看了一下VMD 似乎有很多coloring method 比方說 beta-factor, occupancy...等等不知道有沒有什麼方法可以讓VMD讀我的pdb file時候在讀分子結構的座標位置的同時也能去讀到每個原子對應的帶電量然後用電量大小來著色請問這樣行得通嗎??? pdb file 的格式要怎麼建構才能得出我想要的結果呢? 能否給我一點建議?? 謝謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.115.31.141 ※ 編輯: peter308 來自: 140.115.31.141 (02/25 16:51)