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Re: [工具] PseudoPipe - 找尋 Pseudogenes

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (I am NTU student)時間16年前 (2008/06/01 15:21), 編輯推噓10(10推 0噓 0→)
留言10則, 3人參與, 最新討論串2/4 (看更多)
那這個工具最後跑出來的結果的檔名代表的意義是? 例如我跑某個chromosome Y 最後出現以下這幾個檔案 chrY.sptrembl.all.fa chrY.sptrembl.dup.gff chrY.sptrembl.pssd1.fa chrY.sptrembl.pssd2.gff chrY.sptrembl.all.gff chrY.sptrembl.frag.fa chrY.sptrembl.pssd1.gff chrY.sptrembl.real.fa chrY.sptrembl.dup.fa chrY.sptrembl.frag.gff chrY.sptrembl.pssd2.fa chrY.sptrembl.real.gff -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.26.181
推
06/01 15:28, , 1F
我上次還沒跑完機器就當了 (那台電腦有問題)，後來我的
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project 打算把 pseudogene prediction 部份放進下一篇
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paper 裡，因此我沒有跑完過，上一篇是讀paper來，沒有實際
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經驗的嘴砲。但是呢..還是可以猜一下
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06/01 15:30, , 5F
這些都是序列檔案，.fa 檔是 fasta 格式，.gff 是 genbank
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嗎? 好像不是..我再研究看看 至於 dup, frag, pssd1, pssd2
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06/01 15:33, , 7F
等應該就是我上一篇所提到的那些pseudogene的分類。
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推
06/01 15:36, , 8F
06/01 15:36, 8F
推
06/01 15:54, , 9F
.gff檔案格式我也是第一次看到 看來跟.gbff不同...
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推
06/01 16:08, , 10F
應該是gene or something在chr上面的相對位置
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