[問題] free cysteine residue的判斷？
我的碩士班研究是在protein protein interaction這一塊，
但最近注意到我的sample很容易有aggregate或degrade的情形，
日前有找專門做proteomics的老師討論過，
老師問我的蛋白有沒有很多free cysteine residue（他建議我使用DTT、urea看看）
我手邊有該蛋白質的序列，目前發表過的文獻僅指出它有HTH motif
所以我這幾天爬了文，在swiss prot、EMBOSS等網站摸索好久，
使用GDAP分析AA sequence→沒有結果，
直接browse GDAP內的predictions也沒有我的蛋白
ExPASy ProtParam的結果→Cys (C) 10 3.6%（這樣算多嗎？）
motif scan（用了兩種方式）→有看到ASN_GLYCOSYLATION、CK2_PHOSPHO_SITE、
MYRISTYL、PKC_PHOSPHO_SITE
其他還有很多結果是no hit之類的，不知道是不是因為我選錯database？
（我是做鏈球菌的）
除了設計primer、blast看定序結果外，這算是我第一次接觸這麼多生物資訊類工具
不知道還有沒有什麼是我遺漏，或是該注意的呢？
抱歉我是新手，所以問的東西有點亂七八糟...orz
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推
11/12 02:55, , 1F
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