Re: [問題] free cysteine residue的判斷？
※ 引述《sicaa (西卡)》之銘言：
首先 你現在的問題先定義一下
你希望檢查你的PROTEIN是否有很多的free cysteine residue
在定義一下free cysteine residue是屬於蛋白質中未形成disulfide bond的Cys
所以反過來思考 其實要找的不是free cysteine的database
而是disulfide bond的databse
當然如果是我 我會先去RCSB看一看有沒有已知或是類似的結構
沒有的話 再去做序列分析找出有沒有類似的序列被研究出有多少disulfide bond
再不行就死馬當活馬醫 找那些做預測的網站 丟進去試試看
以上意見 僅供參考 如有錯誤 煩請賜教
: 我的碩士班研究是在protein protein interaction這一塊，
: 但最近注意到我的sample很容易有aggregate或degrade的情形，
: 日前有找專門做proteomics的老師討論過，
: 老師問我的蛋白有沒有很多free cysteine residue（他建議我使用DTT、urea看看）
: 我手邊有該蛋白質的序列，目前發表過的文獻僅指出它有HTH motif
: 所以我這幾天爬了文，在swiss prot、EMBOSS等網站摸索好久，
: 使用GDAP分析AA sequence→沒有結果，
: 直接browse GDAP內的predictions也沒有我的蛋白
: ExPASy ProtParam的結果→Cys (C) 10 3.6%（這樣算多嗎？）
: motif scan（用了兩種方式）→有看到ASN_GLYCOSYLATION、CK2_PHOSPHO_SITE、
: MYRISTYL、PKC_PHOSPHO_SITE
: 其他還有很多結果是no hit之類的，不知道是不是因為我選錯database？
: （我是做鏈球菌的）
: 除了設計primer、blast看定序結果外，這算是我第一次接觸這麼多生物資訊類工具
: 不知道還有沒有什麼是我遺漏，或是該注意的呢？
: 抱歉我是新手，所以問的東西有點亂七八糟...orz
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