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Re: [問題] 預測基因存在的工具

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (.....)時間16年前 (2008/12/06 00:05), 編輯推噓2(2推 0噓 21→)
留言23則, 4人參與, 最新討論串2/3 (看更多)
※ 引述《leondemon (狗狗)》之銘言： : 請問一下要某一細菌或古細菌的基因體序列（genome sequence) : 那要預測有多少基因「確實存在」 哪個生資軟體的正確率比較高？ : 目前我知道的有GLIMMER 它標榜著有97~98%的預測準確度 : 請問一下還有哪些類似的優秀軟體呢？ 我對這個領域比較不熟 但我知道有幾篇prediction method的比較 A brief review of computational gene prediction methods.(2004) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250 Computational approaches to gene prediction (2006) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949 Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073 其實目前沒有一個比較好的工具 而且他們宣稱的準確度其實都是by case 所以用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結果 應該會有很大的疑問 如果是我要做gene predction 我會使用多個大家比較推薦的工具 再去尋找不同工具間的intersection 如果大家有不同的觀點可以提出來討論討論 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.151.5
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12/06 14:02, , 1F
但是我會比較希望是用full-lenth cDNA去驗證這個gene
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12/06 14:03, , 2F
如果你能拿到full-length cDNA了 你就不需要去做
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12/06 14:03, , 3F
prediction了
12/06 14:03, 3F
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12/06 23:04, , 4F
當然是這樣,可是大部分prediction工具是針對人類
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12/06 23:05, , 5F
這些工具是以人類為基準,不知道用在古細菌,有說服力嗎
12/06 23:05, 5F
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12/06 23:06, , 6F
如果是要針對非人類物種的,大部分是要靠商業軟體
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推
12/07 00:30, , 7F
預測和實驗驗證應該是要分開的 尤其很多基因平常不表現
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12/07 00:30, , 8F
靠實驗蒐集的只能得到部份的基因資料 所以預測有重要性
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推
12/07 00:33, , 9F
預測到平常不表現的基因 才能發現出這個基因存在的價值
12/07 00:33, 9F
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12/07 00:47, , 10F
h大你應該是對這領域不熟吧?
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當然有些工具是針對特定物種設計的, 但是如果從genome
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12/07 00:48, , 12F
complex來看的話, bacterial的基因比human都還要容易預測
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12/07 00:50, , 13F
而且有commercial的gene prediction的工具嗎? 這我是沒聽過
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12/07 02:59, , 14F
我並非不熟,我只是受到生物背景教授的影響
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如同你說的,用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結
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12/07 03:01, , 16F
果,再來我是希望可以有一個好理由也讓實驗有說服力
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12/07 03:03, , 17F
我專長不在genome sequence預測,雖然我講的有偏離主題
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12/07 03:04, , 18F
不過如果你有一些fL-cDNA得到的結果跟你預測軟體得到結
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12/07 03:05, , 19F
果差不多時,會有一定說服力,如果沒有,當然靠多個軟體
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12/07 03:06, , 20F
得到結果是一個好方法,喝,這只是我做預測得到的心得
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不過也限於討論,畢竟不是每個教授都很關注在生物意義上
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01/10 13:20, , 22F
細菌基因組定序完成的都有註解基因體多大基？因大約多少個
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細菌大約1 kb有一個基因 所以測量基因體大小即可推算出 出
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