Re: [問題] 預測基因存在的工具
※ 引述《auymle (.....)》之銘言：
: ※ 引述《leondemon (狗狗)》之銘言：
: : 請問一下要某一細菌或古細菌的基因體序列（genome sequence)
: : 那要預測有多少基因「確實存在」 哪個生資軟體的正確率比較高？
: : 目前我知道的有GLIMMER 它標榜著有97~98%的預測準確度
: : 請問一下還有哪些類似的優秀軟體呢？
: 我對這個領域比較不熟
: 但我知道有幾篇prediction method的比較
: A brief review of computational gene prediction methods.(2004)
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250
: Computational approaches to gene prediction (2006)
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949
: Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006)
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073
: 其實目前沒有一個比較好的工具
: 而且他們宣稱的準確度其實都是by case
: 所以用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結果
: 應該會有很大的疑問
: 如果是我要做gene predction
: 我會使用多個大家比較推薦的工具
: 再去尋找不同工具間的intersection
: 如果大家有不同的觀點可以提出來討論討論
FGENESH (Fgenesh predicted results were used as default working gene models in the automated annotation)
Genemark.hmm (rice)
Genscan (Maize)
Genscan+ (Arabidopsis)
GeneSplicer, to predict exon/intron splicing sites
tRNAscan-SE, to predict tRNA
這些多半是用在植物的
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