[程式] Mega 4 作特定基因的alignment該如何做?

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者yuurisung (油)時間16年前 (2009/04/03 14:13)推噓3(3推 0噓 0→)

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我現在抽了一些果蠅的基因做完PCR放大後送去中研院做sequencing 現在數據已經回來了但我現在苦惱不知道該如何align 想必大家都知道做PCR時會放入forward 和reverse端的primer 來進行DNA的複製而假設我今天要做的事gene A好了 database上所提供的序列想必是sense端的序列(5'~3') 而在進行PCR時 forward primer是黏在antisense template (3'~5') 以5'~3'的方向進行複製,所以做出來的是sense端的序列因此在用forward端的數據做alignment時較沒問題但rever primer呢? 在進行PCR時它是以sense 端(5'~3')為template 做出antisense 的序列,而且還是反向坐回來的我原本想的做法是先把forward 端和revese端的數據個別依據 template座alingment,再將forward 和reverse座alignment 如此一來應該會看到在中間段有overlapping的部分可藉此整理出完整的序列但現在的問題出在於reverse端的數據: 1. 它是antisense的序列阿!! 這樣能用嗎? Mega4 有辦法將他互補翻譯過來嗎? 2. 雖然它是由後面做回來,但是數據顯示時卻是以5'~3'的方式顯示,所以數據上的第一個neucleotide理論上其實是最後一個 neucleotide不是嗎? 因此,在做alignment之前也要將其前後反轉嗎? 謝謝大家 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.115.217.117