Re: [工具] 想請問MicroRNA Target Prediction

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間15年前 (2009/12/15 00:56)推噓1(1推 0噓 1→)

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※ 引述《Phaeton (凰呀的鳴叫~)》之銘言： : 網路上google後看到幾個比較常用的 : TargetScan : http://www.targetscan.org/vert_40/ : MicroRNA.org : http://www.microrna.org/microrna/home.do : PicTar : http://pictar.mdc-berlin.de/ : 我自己是用了一些已知的Human cell cycle相關基因去測試 : 比方說 BRCA1 BUB1B CCNE1 當然還有其他的 : 可是常常會看到有database是no results 有的是預測的結果不同 : MiR target到mRNA上 : 我記得是認其3'UTR : 可是結果為什麼會有這種差異 : 總覺得應該要predict出來的microRNA應該會有些許的重複 : 比方說BUB1B在microRNA.org有let7c 但是TargetScan又沒有 : 請問是我那裡的觀念有錯誤? : 謝謝首先呢我假設你已了解miRNA是如果去binding他的target和其調控機制 miranda 的prediction方式是以base-pairing 計算其最低能階(亦是最安定)的情況另外此演算法是不考慮所謂的seed region的相反地 TargetScan的演算法上是有考慮seed region而且是一個重要的factor 因為至少要符合seed region的 8mer, 7mer-m8, and 7mer-1A規則才會是可能的targets 另外會計算context score 這個score有考慮許多生物上的因素像是在一個3'UTR上同一個miRNA的putative binding sites有多少? AU-rich, 距離stop codon或是poly-A的位置等但是在targetscan的offical site上有一個很大的問題! 就是有考慮conserved 所以我個人建議去看單一物種的prediction就好他有perl的code 你也download下來自己算不要去考慮conserve 目前看起來沒有conserve也一樣可以是predicted targets ps. pictar似乎很久沒有更新了 so我沒接觸另外有一個IBM它們的RNA22 跟miranda很像 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過在預言著什麼】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.37.30.136