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[問題] 晶片分析的小問題

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (綠色蘇打心)時間15年前 (2009/12/16 19:37), 編輯推噓2(2推 0噓 5→)
留言7則, 2人參與, 最新討論串1/4 (看更多)
請問一下 我手上有 20片 Normal 20片 Tumor 是 paired data 那我做 preprocessing 時 應該分開做 (2次20片) , 還是一起做 (1次40片) ? -------------------------------------- 我是在算 Inference 時想到這個問題 如果一起算 則 pair data 之間的 distance 會被模糊化 但若分開算 則 pair 性質的可靠性會下降 -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/16 19:40) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/16 19:42) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/16 19:48)
推
12/16 20:07, , 1F
40片要比較就要一起normalize
12/16 20:07, 1F
推
12/16 23:08, , 2F
40片要一起做normalization
12/16 23:08, 2F
→
12/16 23:09, , 3F
不知道你是用哪一家的microarray?
12/16 23:09, 3F
→
12/16 23:09, , 4F
normalization時 一般常用global median或quantile
12/16 23:09, 4F
→
12/16 23:10, , 5F
做normalization前 要先看一下sample的distribution
12/16 23:10, 5F
→
12/16 23:10, , 6F
ps. affy的RMA是quantile的normalization
12/16 23:10, 6F
→
12/16 23:11, , 7F
另外40片很難是同一個batch做出來的 batch要考慮一下
12/16 23:11, 7F
我的是 affy 的晶片 50片 是同一個實驗室出來的 做完 Quality Assessment 後 剩下 44片 然後我跑了 RMA GCRMA dCHIP MAS5 暫時不評估 preprocessing 的好壞 打算最後用四組資料的交集作為結果 然後再評估 所以在分析 Inference 時想到這個問題 因為 preprocessing 實際上的算法有點看不懂 所以不知道到底是怎麼調整的 我想 BGcorrect 和 summation 應該不影響 但 Normalization 滿有可能會出問題 畢竟這個步驟是把 44 片調的更相似 但 Normal V.S. tumor 本來就會有不相似的地方 所以才很疑惑... ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.177.165 (12/17 00:51) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.177.165 (12/17 00:55)
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