Re: [問題] 晶片分析的小問題

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者gsuper (綠色蘇打心)時間15年前 (2009/12/24 19:44)推噓0(0推 0噓 0→)

留言0則, 0人參與討論串3/4 (看更多)

能再問一些問題嗎? ----------------------------------------- Q1: 在 affy 的 u133plus2 晶片有 130 萬個 probe cells 經過 preprocessing 剩下 54675 個 probesets 平均每個基因有 2 個 probesets 大致看了一下 range 為 1~7 個 probesets per gene 如果 probesets 的結果衝突怎麼辦? 用投票決定好像不是好方法必竟每個 probeset 的份量都很重 , 1:2 為顯著 , 2:1 為不顯著實在太武斷了 ---------------------------------------- Q二 : 我是用 double filter 做 Inference FC > 1.5 , paired t < 0.05*2 / 54675 (不知道為什麼 , 不取FDR就有數百個顯著) 因為我是 pair data 且實驗目的只要找顯著大的請問 paired data 有必要做 SAM 或 Bayesian inference 嗎? 我想 paired t 的有效性應該很不錯用上述兩種可能會拿牛刀殺雞不知道這樣想對不對? --------------------------------------- Q3 : 在 R 的 packages "siggenes" 中 d.stat() 的結果每次都不同 (這是一個t.test的函式 , 可 pair or unpair) 我猜是因為加入了 permutation 的概念但結果也差太多了我選了 2600 個 receptors 來分析有時後有 500 個顯著有時後有 300 個顯著請問有辦法解決嗎? 還是我該跑一萬次取平均 P-value??? ------------------------------------- 不好意思專問些難題..... -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:00) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:05) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:07) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:09) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:10) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:16) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:17) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:24) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:24) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:25) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:26) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:51) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 20:52) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/24 22:14)