Re: [問題] 晶片分析的小問題
※ 引述《gsuper (綠色蘇打心)》之銘言：
: 我的是 affy 的晶片 50片
: 是同一個實驗室出來的
我指的batch不是這個 而是實驗設計的問題
像是不同時間點收RNA 就已經有可能有batch effect了
50組實驗 array的scanner沒有能在一次scan完
如果你分不同時間去scan 你的時間也會有batch effect
affy的片子都會有紀錄scan的時間 你可以看一下
:
: 做完 Quality Assessment 後
: 剩下 44片
:
: 然後我跑了 RMA GCRMA dCHIP MAS5
: 暫時不評估 preprocessing 的好壞
: 打算最後用四組資料的交集作為結果
: 然後再評估
恩... 我不太了解為什麼同時要做這麼多normalization後 再來看交集耶?@@
一般來說 我習慣就是RMA normaliztion 再配合MAS5得到Detection call來做QC
畫PCA來看一下sample的分佈
或是用hierarchical clustering來看看是否能區分出不同群
在看群的時候 我又會檢查是我想要看的factor明顯
還是像是batch這種我不想看的明顯 來決定之後分析的策略
:
: 所以在分析 Inference 時想到這個問題
:
: 因為 preprocessing 實際上的算法有點看不懂
: 所以不知道到底是怎麼調整的
:
: 我想 BGcorrect 和 summation 應該不影響
:
: 但 Normalization 滿有可能會出問題
: 畢竟這個步驟是把 44 片調的更相似
: 但 Normal V.S. tumor 本來就會有不相似的地方
: 所以才很疑惑...
affy幫你做array時 會調一個scale factor讓你的intesity相近
你可以把normaliztion完後的值 畫一個box blot
你會看到 雖然median是相近的 但你的range分布會有差
個人經驗 你試試吧
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