Re: [問題] ANOVA table 是否能降維? (晶片)

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間14年前 (2010/03/13 13:06)推噓0(0推 0噓 6→)

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我自己在處理這樣的問題時在statistical analysis後會得到one set of differentially expressed probes 這時候如果要處理multi-probes for one gene的問題時我會先把這些probes collapse為genes 接著回去看在array上這個gene有幾個probe 如果3個probes for one genes，只有1個probe為significant altered 我第一步會先看另外2個probes的abundance如何？以affy為例若用RMA or GC-RMA probe value我會希望至少有7 (相對高於background) 如果MAS5的話就是2^7 但我都用GC-RMA居多往往不significant常會是2個group中這個probe的median都很low abundance 如果是這様這個gene我們還是可以當他是sigificant的但如果在high abundance的情況下同一個gene 不同probe 會有不同表現那就要抓出來看一下我比較龜毛一點啦我這種情形我寧可相信自己在生物上的判斷而不想去靠統計仔細去看這些probe的abundance也有助於未來你的validation (e.g. qRT-PCR) ※ 引述《gsuper (統計的巴比倫塔)》之銘言： : two-way ANOVA table : ----------------------------------------------------- : 控制組控制組控制組實驗組實驗組實驗組 : row1 15 15 15 400 400 400 : row2 50 50 50 300 300 300 : row3 10 10 10 200 200 200 : ----------------------------------------------------- : 在交互作用不顯著時 : 能否進行以下的降維動作? : 三條 rows 取平均 , 變成 rowPOOL : ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ : 控制組控制組控制組實驗組實驗組實驗組 : rowPOOL 25 25 25 300 300 300 : ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ : 或是只有交互作用不顯著的條件仍然不夠 : 需要其它條件 : 還是跟本不能這樣做? : 誠心請教 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【 http://www.wretch.cc/blog/hajimela 】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.167.196.105