Re: [問題] 有關Real-time PCR 數據分析
看板BioMedInfo (生醫資訊)作者tirecake (Allo le monde)時間10年前 (2014/11/27 22:58)推噓0(0推 0噓 0→)留言0則, 0人參與討論串2/3 (看更多)
※ 引述《ophisoka (Hisoka)》之銘言：
: 我現在手上有一種未知功能的蛋白質
: 已經有這個蛋白的 KO mice
: 老闆要我取 wild-type and KO mice 不同器官的RNA跑RT-PCR
: 比較相同器官中 WT and KO mice 這個蛋白基因的表現量
: 但跑完後我不清楚數據要如何分析
: 因為沒有一個 wt and KO 都可以用的標準值
: (我目前用的算法是把其中一個器官當1 但是KO也這樣算好像就不對了 因基準點不一樣)
: 有沒有什麼算法是可以取所有sample的絕對值(control是GAPDH)
: 然後可以做出WT and KO 目標基因表達性差異的圖
: 還有 我wt 已作3重複，要如何把3次統合起來
: ※ 編輯: ophisoka (140.123.186.178), 11/26/2014 16:47:30
例如說
螢光亮度_肝臟: WT-X(100) KO-X(75) WT-GAPDH(300) KO-GAPDH(500)
X對GAPDH做校正 定WT-X仍為100 KO-X校正後為45
如果要比不同器官 感覺應該要跑在同一塊膠 才可以把某一器官當1
關於三重複 是有三隻小鼠 三個肝臟 三管RNA 三管cDNA?
應該也是要三個跑同一塊膠+各自GAPDH 校正後的值平均
KO同理 兩者做t-test分析 bar chart+error bar
最後 一塊膠應該跑不下超過15~20
所以要比較肝臟 心臟 腎臟 肺臟 可能要用比例做比較
化成比例的人工計算越少越真實
(不是很確定 一起討論)
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