Fw: [求救] 使用Galaxy無法input reference genome
看板BioMedInfo (生醫資訊)作者keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯)時間7年前 (2017/08/22 13:25)推噓0(0推 0噓 1→)留言1則, 1人參與討論串1/2 (看更多)
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作者: keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯) 看板: Biotech
標題: [求救] 使用Galaxy無法input reference genome
時間: Tue Aug 22 13:24:24 2017
小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics進行分析測試，
由於不確定Galaxy能夠input多大的data，
所以目標是在實驗室架設主機，將Galaxy tutorial的workflow複製到實驗室的server
http://js-157-167.jetstream-cloud.org/ （需要註冊才能查看tutorial workflow）
將workflow所需要的tool全部都安裝完後，
發現大多數的tool在select a reference genome(annotation)全都顯示空白，如附圖所示
紅框中，Galaxy主機在各個tool的reference genome(annotation)中都有出現相關的索引
http://imgur.com/NoNNgFe
綠框中，實驗室的主機在各個tool的reference genome(annotation)中都呈現空白
http://imgur.com/gahVZAX
接著參考這個教學，https://goo.gl/QCxU9e，用data manager來建立built-in genomes
可是按照教學先從UCSC/NCBI存在的資料庫import進去，
不管怎麼修改DBKey或accession number都是無限error
http://imgur.com/jCHi0Xt
於是自己從UCSC下載hg38 fasta file，用new的方式import
http://imgur.com/Tm54uhG
雖然成功了，但是workflow相關的tool（Bowtie2、BWA）卻依舊No options available
http://imgur.com/YipCPjW
在只能用遠端連線而無法動主機在linux上輸入指令的情況下，
請問各位前輩還有什麼方法能解決嗎？
雖然裡面有說請直接聯繫Galaxy，
可是那個意思看起來比較像如果題目較冷門找不到reference genome可去聯繫，
不過我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38（hg38）啊...謝謝大家~
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※ 轉錄者: keroromoa (163.25.93.81), 08/22/2017 13:25:18
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08/22 22:11, , 1F
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