Re: [求救] 使用Galaxy無法input reference genome
看板BioMedInfo (生醫資訊)作者Neisseria (Neisseria)時間7年前 (2017/08/22 15:52)推噓0(0推 0噓 0→)留言0則, 0人參與討論串2/2 (看更多)
雖然有點潑冷水，建議不要弄 Galaxy 了
基本上，Galaxy 是 web UI，底下包很多 bioinformatics tools
但是天下沒有白吃的午餐，中間的連動還是要有人去寫流程串接
但是，Galaxy 有點 under-documented；很多資料其實都很難找
雖然 Galaxy 已經是非商業軟體的 bioinformatics workflow 第一把交椅
但是真的很難除錯
我先前就幫實驗室裝某個在 Galaxy 中運作的 R 套件，搞半天弄不起來
後來不想弄了，直接在自己電腦上開 RStudio 跑，很快就跑完資料了
說實在的，Galaxy 是給不會寫程式的人一些方便
但是實在很難維護，後來都嘛不太想用
如果資料量少，自己實驗室的 server 用 Linux 終端機跑一跑就好了
如果資料量大，看要不要到國網中心跑
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