討論串[問題] Transcription Start Site
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推噓1(1推 0噓 0→)留言1則,0人參與, 最新作者realism時間17年前 (2008/06/02 10:45), 編輯資訊
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之前auymle有提到 'ORF的起始位置不代表TSS, 所以ORF是用來預測可能的protein. coding region, 而不是用來預測TSS的' 我想這也就是我大部分文獻找TSS都用預測. Promoter來做 還有人想到可以用別的方法做嗎?. 另外我補充ㄧ下上述intron的問題 ha
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推噓2(2推 0噓 1→)留言3則,0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間17年前 (2008/06/02 01:49), 編輯資訊
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在此回覆一下huggie兄的問題 (另外有些是我們私下討論的 也一併寫上). huggie兄提到promoter region會不會包到intron呢?. 在以下情況是會的. 假設Gene A他有2種不同的transcripts I and II. I是由exon1轉錄而II是exon2轉錄. 那當
(還有404個字)

推噓4(4推 0噓 4→)留言8則,0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間17年前 (2008/06/02 00:49), 編輯資訊
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其餘恕刪. 以我個人的經驗 以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到). 從Ensembl database抓sequence時,TSS就那麼一個而己歐(TSS為0). 再往前推upstream為promoter region. 若有其他需求(例如考慮在不同trans
(還有470個字)

推噓0(0推 0噓 0→)留言0則,0人參與, 最新作者wunshiun (薄荷キャンデー)時間17年前 (2008/06/02 00:29), 編輯資訊
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謝謝 huggie 和 KP454 兩位大大的解釋 ^^. 另外再問兩個問題. Q1: CFTR的transcription factor binding site. 是不是就落在 http://0rz.tw/484av 這段序列當中. Q2: 在 http://0rz.tw/0e4cE 當中, C

推噓0(0推 0噓 0→)留言0則,0人參與, 最新作者realism時間17年前 (2008/06/02 00:26), 編輯資訊
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有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧?. 因為很多做TSS prediction的paper. (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378). 似乎都用Promotor預測來決
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