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討論串[問題] Transcription Start Site
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#1
[問題] Transcription Start Site
推噓13(13推 0噓 6→)留言19則，0人參與, 最新作者wunshiun (薄荷キャンデー)時間17年前 (2008/06/01 22:12), 編輯資訊
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※ [本文轉錄自 Biology 看板]. 作者: wunshiun (薄荷キャンデー) 看板: Biology. 標題: [問題] Transcription Start Site. 時間: Sun Jun 1 22:01:58 2008. 請問在 http://0rz.tw/cd49U 這條序列
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#2
Re: [問題] Transcription Start Site
推噓2(2推 0噓 2→)留言4則，0人參與, 最新作者KP454 (時間只是記錄)時間17年前 (2008/06/01 22:31), 編輯資訊
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這個我幫得上忙. 小小回答一下吧!!. 首先. 先確定你要問的問題. 你是要問transcriptional start site 的生物意義 以下簡稱TSS. 還是要直接找出這個序列中可能成為TSS的地方. TSS 顧名思義就是在此基因進行轉錄(transcription) 成為RNA的時候. 最
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#3
Re: [問題] Transcription Start Site
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者realism時間17年前 (2008/06/02 00:26), 編輯資訊
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有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧?. 因為很多做TSS prediction的paper. (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378). 似乎都用Promotor預測來決
#4
Re: [問題] Transcription Start Site
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者wunshiun (薄荷キャンデー)時間17年前 (2008/06/02 00:29), 編輯資訊
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謝謝 huggie 和 KP454 兩位大大的解釋 ^^. 另外再問兩個問題. Q1: CFTR的transcription factor binding site. 是不是就落在 http://0rz.tw/484av 這段序列當中. Q2: 在 http://0rz.tw/0e4cE 當中, C
#5
Re: [問題] Transcription Start Site
推噓4(4推 0噓 4→)留言8則，0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間17年前 (2008/06/02 00:49), 編輯資訊
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其餘恕刪. 以我個人的經驗 以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到）. 從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0). 再往前推upstream為promoter region. 若有其他需求（例如考慮在不同trans
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