Re: [問題] Transcription Start Site

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間16年前 (2008/06/02 01:49)推噓2(2推 0噓 1→)

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※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言： : ※ 引述《realism ()》之銘言： : : 有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧? : : 因為很多做TSS prediction的paper : : (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378) : : 似乎都用Promotor預測來決定TSS(Promotor之後即是嗎?) : : 而且ㄧ段coding region不只有一個TSS也是正常的 : : 所以我想使用orf不夠的原因這也是其中之ㄧ吧 : 其餘恕刪 : 以我個人的經驗以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到） : 從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0) : 再往前推upstream為promoter region : 若有其他需求（例如考慮在不同transcipts的promoter region的TF的調控） : 就會考慮要抓ATG起啟位置為0來推upstream及downstream : TSS的定義就是 : the transcriptional start site (TSS): : transcription of RNA begins for a particular gene : 那TSS為0和ATG為0來推其promoter region有何不同？ : 若以TSS為0的話，它的downstream會包含有5'-UTR : 若以ATG，即找出ORF並以這個為0的話，那你反而是推其upstream會包含5'-UTR : 哪個好，就得看需求是什麼來決定了 : 不知道這樣有沒有回答到？＠＠ : 有錯請指正謝謝！在此回覆一下huggie兄的問題（另外有些是我們私下討論的也一併寫上） huggie兄提到promoter region會不會包到intron呢？在以下情況是會的假設Gene A他有2種不同的transcripts I and II I是由exon1轉錄而II是exon2轉錄那當我們以exon2的atg為啟始位置時前推upstream為promoter region時，intron便在裡面了位置關係可以想成這樣 TSS ＿＿＿＿＿＿＿＿｜–––––∣Exon 1∣–––––｜Exon 2｜–––––– 5'-UTR ￣￣￣￣ Intron 1 ￣￣￣￣ Intron 2 promter region可以自己定義要從哪回推就看你想要探討的問題是什麼只是考慮到不同transcripts的atg很麻煩大部分的paper都直接以TSS為0回推promoter region -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過在預言著什麼】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.137