Re: [問題] Transcription Start Site

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者realism時間16年前 (2008/06/02 10:45)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言： : ※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言： : : 其餘恕刪 : : 以我個人的經驗以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到） : : 從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0) : : 再往前推upstream為promoter region : : 若有其他需求（例如考慮在不同transcipts的promoter region的TF的調控） : : 就會考慮要抓ATG起啟位置為0來推upstream及downstream : : TSS的定義就是 : : the transcriptional start site (TSS): : : transcription of RNA begins for a particular gene : : 那TSS為0和ATG為0來推其promoter region有何不同？ : : 若以TSS為0的話，它的downstream會包含有5'-UTR : : 若以ATG，即找出ORF並以這個為0的話，那你反而是推其upstream會包含5'-UTR : : 哪個好，就得看需求是什麼來決定了 : : 不知道這樣有沒有回答到？＠＠ : : 有錯請指正謝謝！ : 在此回覆一下huggie兄的問題（另外有些是我們私下討論的也一併寫上） : huggie兄提到promoter region會不會包到intron呢？ : 在以下情況是會的 : 假設Gene A他有2種不同的transcripts I and II : I是由exon1轉錄而II是exon2轉錄 : 那當我們以exon2的atg為啟始位置時 : 前推upstream為promoter region時，intron便在裡面了 : 位置關係可以想成這樣 : TSS ＿＿＿＿＿＿＿＿ : ｜–––––∣Exon 1∣–––––｜Exon 2｜–––––– : 5'-UTR ￣￣￣￣ Intron 1 ￣￣￣￣ Intron 2 : promter region可以自己定義要從哪回推 : 就看你想要探討的問題是什麼只是考慮到不同transcripts的atg很麻煩 : 大部分的paper都直接以TSS為0回推promoter region 之前auymle有提到 'ORF的起始位置不代表TSS, 所以ORF是用來預測可能的protein coding region, 而不是用來預測TSS的' 我想這也就是我大部分文獻找TSS都用預測 Promoter來做還有人想到可以用別的方法做嗎? 另外我補充ㄧ下上述intron的問題 hajimels講的是指AS(alternative splicing)的狀況但我想promotor也有分成proximal與distal 如果後者也有機會使exon1的 promoter落在intron -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.77.166