Re: [問題] Transcription Start Site
有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧?
因為很多做TSS prediction的paper
(e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378)
似乎都用Promotor預測來決定TSS(Promotor之後即是嗎?)
而且ㄧ段coding region不只有一個TSS也是正常的
所以我想使用orf不夠的原因這也是其中之ㄧ吧
※ 引述《KP454 (時間只是記錄)》之銘言：
: 這個我幫得上忙
: 小小回答一下吧!!
: 首先
: 先確定你要問的問題
: 你是要問transcriptional start site 的生物意義 以下簡稱TSS
: 還是要直接找出這個序列中可能成為TSS的地方
: TSS 顧名思義就是在此基因進行轉錄(transcription) 成為RNA的時候
: 最一開始的地方
: 也就是真正做出messenger RNA的最一開始的頭
: 不包含前面一些調控的區域以及RNA Polymerase的結合處
: 如果是想要找出所有可能的TSS 可以將序列放到open reading frame finder
: NCBI 本身也有內含此工具
: 但請注意
: 這不是唯一解
: 有很多種不同的open reading frame finder
: 名字也不一定是ORF finder
: 不同的工具建立在不同的理論基礎
: 所以結果會有所出入喔!!
: 希望有幫到你囉!!
: : 作者: wunshiun (薄荷キャンデー) 看板: Biology
: : 標題: [問題] Transcription Start Site
: : 時間: Sun Jun 1 22:01:58 2008
: : 請問在 http://0rz.tw/cd49U 這條序列當中
: : 我想知道CFTR gene的transcriptional start site是指從哪開始呢?
: : 我是電資學院的學生 不太懂生物上的名詞
: : 希望有人能回答幫助我解除疑惑
: : 感謝~~
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 61.230.83.137
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