Re: [問題] Transcription Start Site
※ 引述《realism ()》之銘言：
: 有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧?
: 因為很多做TSS prediction的paper
: (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378)
: 似乎都用Promotor預測來決定TSS(Promotor之後即是嗎?)
: 而且ㄧ段coding region不只有一個TSS也是正常的
: 所以我想使用orf不夠的原因這也是其中之ㄧ吧
其餘恕刪
以我個人的經驗 以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到）
從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0)
再往前推upstream為promoter region
若有其他需求（例如考慮在不同transcipts的promoter region的TF的調控）
就會考慮要抓ATG起啟位置為0來推upstream及downstream
TSS的定義就是
the transcriptional start site (TSS):
transcription of RNA begins for a particular gene
那TSS為0和ATG為0來推其promoter region有何不同？
若以TSS為0的話，它的downstream會包含有5'-UTR
若以ATG，即找出ORF並以這個為0的話，那你反而是推其upstream會包含5'-UTR
哪個好，就得看需求是什麼來決定了
不知道這樣有沒有回答到？＠＠
有錯請指正謝謝！
--
★ミ ζ
○_.
/(╯
【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|>
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 163.25.118.137
推
06/02 01:36, , 1F
06/02 01:36, 1F
→
06/02 01:42, , 2F
06/02 01:42, 2F
推
06/02 01:47, , 3F
06/02 01:47, 3F
→
06/02 01:50, , 4F
06/02 01:50, 4F
推
06/02 09:28, , 5F
06/02 09:28, 5F
→
06/02 09:28, , 6F
06/02 09:28, 6F
→
06/02 11:32, , 7F
06/02 11:32, 7F
推
06/02 11:52, , 8F
06/02 11:52, 8F
討論串 (同標題文章)
BioMedInfo 近期熱門文章
PTT職涯區 即時熱門文章
