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討論串[討論] 預測ESEs的方式
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#1
[討論] 預測ESEs的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者realism時間16年前 (2008/06/02 11:12), 編輯資訊
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前幾天有個朋友問我關於預測ESEs(Exonic Splicing Enhancer)的問題. 他說他使用統計的方法來預測 我查了ㄧ下文獻 似乎是因為ESE通常很短. 要用pattern來預測不是很能夠取信於人 所以會加上統計的方式. 預測的方式大概是這樣:. 找出某一個hexamer(已知的幾個E
(還有159個字)
#2
Re: [討論] 預測ESEs的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者realism時間16年前 (2008/06/03 16:42), 編輯資訊
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發現大家可能不懂我的意思 跟我朋友要了paper給大家參考:. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/159. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ From: 140.129.77.13.
#3
Re: [討論] 預測ESEs的方式
推噓4(4推 0噓 2→)留言6則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/06/03 17:59), 編輯資訊
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大家好,這是我朋友幫我問的,我是做這個題目的人. 問題在於預測出來的候選ESE序列數量多. 我想要利用已知水稻序列資訊讓我了解問題所在. 例如:我試著分析,exon,intron 序列核甘酸組成,. 已經知道intron AT比率高(0.64),CG比率低(0.36),exon中AT=0.53 cg
#4
Re: [討論] 預測ESEs的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/06/11 10:21), 編輯資訊
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這題目是預測,但是,不需要用到那麼複雜工具ex:svm or HMM. 候選的exonic splicing enhancer(ESE) motif,我把它長度設為6nt(hexamer). 其實,主要有兩個重要屬性(由以往實驗驗證所推論). (1). ESE motif 出現在exon的頻率,會比
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#5
Re: [討論] 預測ESEs的方式
推噓1(1推 0噓 0→)留言1則，0人參與, 最新作者auymle (.....)時間16年前 (2008/06/11 11:06), 編輯資訊
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Exon and intron content的資訊這個你自己算就可以得到了吧!. 你既然都可以去得到這些motif. 你要算這些nt的頻率應該沒有什麼困難的. 但我認為這樣可能沒有辦法提供什麼有用的證據. 我有一些想法你可以參考看看. 由於目前splice的過程有幾個功能比較清楚的protein.
(還有301個字)
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