Re: [討論] 預測ESEs的方式
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言：
: ...(略)...
: : 你既然都可以去得到這些motif
: : 你要算這些nt的頻率應該沒有什麼困難的
: : 但我認為這樣可能沒有辦法提供什麼有用的證據
: : 我有一些想法你可以參考看看
: : 由於目前splice的過程有幾個功能比較清楚的protein
: : 例如SF2, SC35, SRp40, SRp55等
: : 這些protein的ESE matrix已經建立出來了
: : 雖然這是在mammalian上的protein
: : 我不確定在植物上是否也有類似的機制
: : 如果植物上也有類似的機制的話
: : 那我們也許可以拿來當作證據
: : 你可以先針對你預測到的ESE做cluster<==請問,有什麼軟體可以做motif的cluster
: ...(略)...
試試看這個 MATLIGN
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/189
另外還有一篇
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000010
我沒仔細看 不知道有沒有release code出來
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討論串 (同標題文章)
本文引述了以下文章的的內容：
完整討論串 (本文為第 7 之 7 篇)：
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