Re: [討論] 預測ESEs的方式
這題目是預測,但是,不需要用到那麼複雜工具ex:svm or HMM
候選的exonic splicing enhancer(ESE) motif,我把它長度設為6nt(hexamer)
其實,主要有兩個重要屬性(由以往實驗驗證所推論)
(1)
ESE motif 出現在exon的頻率,會比在intron高
(2)
ESE motif 出現在exon with weak splice site,會比在exon with strong splice site高
因此,我要統計hexamer在exon,intron,exon with weak splice site,exon with strong
splice site 出現的次數,之後,根據上述兩個屬性,去做處理
我的目的是確認產生出來的結果是對的嗎?
但是,我的結果可以預測出大量的候選ESE motif,當然,程式方面一直有在驗證
因此,我想了解一些日本型水稻的相關生物資訊,例如:水稻轉錄體A,T,C,G的比例,或是
exon,intron,A,T,C,G各自比例,從大家提供的資訊,來判斷我的結果是否正確
>""<畢竟,水稻ESE motif 沒有實驗驗證出來的結果,我無法確認我的結果阿
ps:我昨天才會推文,看到大家意見,我才發現,大家誤解我的意思
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