[討論] 預測ESEs的方式
前幾天有個朋友問我關於預測ESEs(Exonic Splicing Enhancer)的問題
他說他使用統計的方法來預測 我查了ㄧ下文獻 似乎是因為ESE通常很短
要用pattern來預測不是很能夠取信於人 所以會加上統計的方式
預測的方式大概是這樣:
找出某一個hexamer(已知的幾個ESEs)在水稻的exon的頻率明顯高於intron
並且在exon weak splice site的頻率高於在eoxn strong splice site的頻率
找出來的hexamer即認定為新的ESEs
但是做出來的結果預測出相對於參考文獻 異常高量的ESE
我想了想可能跟物種不同 intron的長度
與多寡有關係 因為這樣統計的基本條件就已經不同了
請問該怎麼解決這種差異呢??
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