Re: [討論] 預測ESEs的方式

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者auymle (.....)時間16年前 (2008/06/11 11:06)推噓1(1推 0噓 0→)

留言1則, 1人參與討論串5/7 (看更多)

※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言： : 這題目是預測,但是,不需要用到那麼複雜工具ex:svm or HMM : 候選的exonic splicing enhancer(ESE) motif,我把它長度設為6nt(hexamer) : 其實,主要有兩個重要屬性(由以往實驗驗證所推論) : (1) : ESE motif 出現在exon的頻率,會比在intron高 : (2) : ESE motif 出現在exon with weak splice site,會比在exon with strong splice site高 : 因此,我要統計hexamer在exon,intron,exon with weak splice site,exon with strong : splice site 出現的次數,之後,根據上述兩個屬性,去做處理 : 我的目的是確認產生出來的結果是對的嗎? : 但是,我的結果可以預測出大量的候選ESE motif,當然,程式方面一直有在驗證 : 因此,我想了解一些日本型水稻的相關生物資訊,例如:水稻轉錄體A,T,C,G的比例,或是 : exon,intron,A,T,C,G各自比例,從大家提供的資訊,來判斷我的結果是否正確 : >""<畢竟,水稻ESE motif 沒有實驗驗證出來的結果,我無法確認我的結果阿 : ps:我昨天才會推文,看到大家意見,我才發現,大家誤解我的意思 Exon and intron content的資訊這個你自己算就可以得到了吧! 你既然都可以去得到這些motif 你要算這些nt的頻率應該沒有什麼困難的但我認為這樣可能沒有辦法提供什麼有用的證據我有一些想法你可以參考看看由於目前splice的過程有幾個功能比較清楚的protein 例如SF2, SC35, SRp40, SRp55等這些protein的ESE matrix已經建立出來了雖然這是在mammalian上的protein 我不確定在植物上是否也有類似的機制如果植物上也有類似的機制的話那我們也許可以拿來當作證據你可以先針對你預測到的ESE做cluster 然後將同一個cluster的序列建出一個matrix 然後再去跟這些已知與splicing相關的protein的matrix比較如果有類似的profile出現那也許你做出來的東西是對的 ESE finder裡面有提供這些splcing相關protein的matrix http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/tools/ESE3/esefinder.cgi?process=matrices 我不能確定這個方法可不可行但這是我目前想得到而且證據比較強烈的方法 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.151.4