Re: [問題] 請問homologies 同源性 的精確定義
Homology 的概念可以分為 Orthology 以及 Paralogy
如下圖：
┌─────┐
┌┤Orthology │
┌────┐ │└─────┘
│Homology├──┤
└────┘ │┌─────┐
└┤Paralogy │
└─────┘
一般在講 homology 的時候，若是沒有特別指涉其明確定義，
那就自己斟酌情況做解釋，若要精確來說，其實 homology 要再細分，
講起來才精確。
定義如下：
Orthology
two homologous loci derived from a speciation event
意指此兩同源基因座 (也就是基因所在的位置)，其同源是來自於
種化事件的發生，也就是說，本來有 geneA 是 geneA1 與 geneA2
的共同祖先，後來分別種化成 1 與 2，那我們說 1 與 2 此兩者為
homologous gene，精確來講其實叫做 orthologous gene。
Paralogy
two homologous loci derived from a duplication event
這與 orthology 不同在於，其同源的來源是由於基因本身在基因體內的複製，
例如 transposon。原本有 geneB 後來跳到另一個地方 (locus)，這樣就有兩個
geneB 了，雖然在同一染色體上或是個體上，但後來兩個基因各自演化，
我們稱兩者同源為 paralogous gene。
基本上 homology 是混合了以上兩者的概念，泛指由於以上兩種原因而產生
基因的同源與相似性。
ps.
其實如果仔細探討，光是這樣的概念還是不夠的，於是乎有人將 paralog
加上 speciation event 的時間點前後分析，衍伸出 inparalog 跟
outparalog 等概念，詳細可參考下篇：
Sonnhammer, E. L., and Koonin, E. V. (2002) Orthology, paralogy and
proposed classification for paralog subtypes. Trends Genet 18, 619-20.
※ 引述《nerdz.bbs@bbs.Life.NCTU.edu.tw (還是學校好..)》之銘言：
> 最近我在這個字與isoform之間的界線也有疑問(在GENE SEQENCE上)
> 可以請清楚的大大一起回答嗎..THX
isoform 不是一個很精確定義的字，只是表示形容的東西存在了不只有一種型態，
但本質上又是一樣的東西。而且不會用在 gene level 來形容 gene。
通常出現在 protein level，以表示多個基因，或是同源基因，所表現出
不同蛋白質的型態。舉例來說，一個蛋白質可能由多個 subunit 構成，每個 subunit
皆是由一條獨立的 peptide 摺疊而成。簡化來說 (在真核)，一條 peptide 若是由
一個 gene 所表現出來，那組成該蛋白如果有 2 個不同的 subunit 則有 2 個或 2 個
以上的基因負責。可能是 geneA 與 geneB 配或是 AC、AD、BD等等，排列組合，
這些基因可能是 homology，所以表現出來的蛋白質結構類似，可以互相組合，
組合出來的功能又差不多，只是可能表現的地方不同，或是作用的地方改變等等。
這些差不多，相似性很大，功能相同，組成卻不一樣的蛋白質，我們叫他
isoform。
> ※ 引述《amateratha.bbs@ptt.cc (大天使長路西法)》之銘言：
> : 小弟我對這個字的定義有點不明，其定義究竟是純粹描述
> : 不同生物在解剖結構或基因序列的相似或相同？
> : 還是其定義是在講生物的共同祖先？
> : 煩請諸位賜教，謝謝～
有錯請指正，歡迎討論。
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夫兵者不祥之器物或惡之故有道者不處君子居則貴左用兵則貴右兵者不祥之器非君子
之器不得已而用之恬淡為上勝而不美而美之者是樂殺人夫樂殺人者則不可得志於天下
矣吉事尚左凶事尚右偏將軍居左上將軍居右言以喪禮處之殺人之眾以哀悲泣之戰勝以
喪禮處之道常無名樸雖小天下莫能臣侯王若能守之萬物將自賓天地相合以降甘露民莫
之令而自均始制有名名亦既有夫亦將知止知止可以不殆譬道之在 140.127.160.142海
推
12/01 12:02, , 1F
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