[問題] 找尋序列

看板Biology (生物學)作者 (薄荷キャンデー)時間18年前 (2008/04/11 01:46), 編輯推噓1(103)
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【問題】: 請問如果我想找尋 Gene , c-myc proto-oncogene 5' UTR sequences Species有 human, gibbon, rat, frog, chicken, common crap, fugu 我想知道這些物種的該序列並且在這些序列當中找尋他們的motif為何? 請問要去哪邊找尋比較方便呢? 我是知道NCBI跟TRANSFAC, 可是我進去搜尋不知道哪些才是我想要的資訊 拜託好心的人士能教我怎麼收尋嗎? 或者不一定要NCBI及TRANSFAC 哪邊有motif或者 Transcription Factor Database相關的網站可以提供參考一下嗎? 謝謝好心人士了 【問題起因】: 我是資訊相關科系的學生, 最近論文需要分析到一些生物上的序列 可是我本身沒有使用過這些資料庫, 所以不知道要如何在這裡面找尋我想要的資料 請知道的好心人幫幫忙吧, 萬分感激~~ 【個人看法】: -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 122.123.156.149 ※ 編輯: wunshiun 來自: 122.123.156.149 (04/11 01:46)

04/11 09:49, , 1F
AID:#17rLb0mS 看看吧, sequence那邊選UTR即可
04/11 09:49, 1F

04/11 09:50, , 2F
資訊背景會perl的話 google: TFBS perl module自己寫吧XD
04/11 09:50, 2F

04/11 09:51, , 3F
配合Ensembl API可以很容易取得sequence
04/11 09:51, 3F

04/12 22:22, , 4F
謝謝您
04/12 22:22, 4F
文章代碼(AID): #17_b9bFP (Biology)
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