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[問題] 基因表現量計算

看板Biology (生物學)作者 (violence阿公)時間2年前 (2022/04/01 00:59), 編輯推噓2(2推 0噓 6→)
留言8則, 3人參與, 最新討論串1/1
如題 大家好 朋友在做rnaseq後 在分析完基因表現量再去找有顯差基因的時候 給別人試跑後 跑出來的data的表現量有0 0應該是沒有reads吧 但是fold change卻可以算出來 想很久看不出來0還會有fold change 想請教大大 並附上excel圖 https://i.imgur.com/G2l3srH.jpg
-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 39.8.2.9 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biology/M.1648745950.A.FEF.html
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04/01 18:43, 2年前 , 1F
可能預設有 lower cut-off，查一下分析程式有沒有說明
04/01 18:43, 1F
推
04/05 20:47, 2年前 , 2F
去看看EdgeR的說明吧
04/05 20:47, 2F
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04/05 20:48, 2年前 , 3F
04/05 20:48, 3F
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04/05 20:51, 2年前 , 4F
重點是你的對照組有count就有潛在生物意義，計較數字沒意義
04/05 20:51, 4F
推
04/05 20:53, 2年前 , 5F
只因為一組全是0就刪掉是很stupid的事
04/05 20:53, 5F
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08/03 18:00, , 6F
一般來說，會先計算TPM or FPKM再計算FC，如果沒有reads
08/03 18:00, 6F
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08/03 18:00, , 7F
，TPM or FPKM會標記為0.001(極小值)，這樣就可以計算FC
08/03 18:00, 7F
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08/03 18:00, , 8F
了
08/03 18:00, 8F
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