[問題] 想請教熟悉GROMACS操作的高手
剛接觸這個軟體
遇到了些問題 希望能有高手不吝給予指教
我希望模擬在lipid bilayer的環境
不過GROMACS原本的topology parameter files和simulation box似乎都沒有lipid的資料
所以 我目前想到的作法是
1.用"pdb2gmx"產生蛋白的.top和.gro
2.將lipid bilayer的.pdb(含水)利用"editconf"轉成.gro作為simulation box
並做了lipid的.itp
3.利用"editconf"和"genbox"將lipid的環境加入
4.修改前一步驟的.top(在ff後加"include lipid.itp" 在[molecule]後多加lipid的個數)
不過接著要進行grompp時就會顯示error
"number of coordinates in coordinates file does not match topology file"
先感謝您耐心看完
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