[問題] tansformation失敗?!

看板Biotech (生命科學)作者 (Egg Dance)時間17年前 (2007/05/05 00:16), 編輯推噓10(10011)
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不好意思,我現在大三,在實驗室做專題,想問個基礎實驗的問題 老師叫我做一個clone,前面的步驟都很成功 最後用有抗生素的medium篩,挑出八個菌落養菌後跑PCR 有七管夾出正確大小的片段,而且band都蠻明顯的的 但今天抽plasmid出來,再用酵素切割,卻切不出那條片段 學姊跟老師也覺得很奇怪,因為從PCR的結果來看,不像是偽陽性 http://0rz.tw/2e2D5 切位是BamHI和EcoRI,剛剛被室友一問,我想到今天用的BamHI是新的 除了這個之外還有其他導致失敗的可能原因嗎...... http://0rz.tw/d02D3 第一次沒有定量,加15μl質體去切,老師說太多了切不動 http://0rz.tw/e32FG 測濃度之後plasmid定量為6μg去切割,酵素都0.5μl 會亮成這樣是學長建議我換新的EtBr試試看 最左邊是200,400,600,800,1000,1200marker 最右邊是lambda/HindⅢ fragments 中間六個是我切割後的plasmid,insert大小應為384nt,vector是pCDNA3.1 學姊說直接重做就好反正原因也想不出來了 但我還是想知道問題"有可能"是出在哪,這樣下次重做可以多注意一些細節 先謝謝各位了...... -- 十二少: 如花 不如我給你一個密碼 我只說一遍 你要記住 不然你永遠找不到我 40342 40342 4342 43 43420 024 43420 33342024 3342024 3342024 3433 3433 3324 3430 04402 2 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.117.199.96

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請問你有放pcr的positive control跟negative control嗎?
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然後你的enzyme切出來之後會是幾個band? 大小各多少呢?
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還有呀, 你的insert是藉由pcr的方式夾出來的嗎?
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如果是的話可能是pcr出錯或是primer上的re切位有錯
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容我直說,還蠻標準的偽陽性....
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看來這個版上對colony PCR 不熟悉還真不少
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相關問題我以前已經回過一篇,就不再重複了
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祝實驗順利 :)
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補充一句,要減少偽陽性的現身,作為template的colony
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titration要調好,不要以為越多越好
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(不過我沒說原po 一定有這方面的問題)
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第三章的圖總覺得怪怪的 因為pcDNA3.1即使用BamHI&EcoRI下
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去切 也不應該會有麼多的fragment
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BamHI 跟EcoRI都很容易有star activity阿,會不會是enzyme
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下太多然後亂切? 還有應該不用切到6ug吧? 切個1ug就會染
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的很漂亮了.. (然後你跑膠要load uncut vector做對照阿)
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我也覺得是E大說的false-positive(我就是被回答的人)
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(汗!)建議你用vector上的primer做colony pcr 並記得放
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negative control 可放一個藍colony(用藍白篩的話)
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或不放template檢視是否reagent被污染了 ^ ^
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謝謝大家的回應,第一次做clone就學到很多,我會繼續努力
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文章代碼(AID): #16ErnpDN (Biotech)
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