[問題] PCR的問題
最近在做construct
可是在一開始PCR放大部分遇到很有趣的問題
前提是vector已經訂過序 確定是對的
且抽取plasmid方法是大量(步驟繁複 較純)
我要的片段大小為1K左右
由於某些原因我做了以下測試
1.利用設計的primer做PCR
夾出的片段大約為0.8K
=>大小不對
2.用vector上的primer做PCR
夾出的片段大約為0.4K
=>應該要1.3K左右 大小不對
3.以vector上的forward以及設計的reverse做PCR
夾出的片段大約為1K
=>應該比1K多一點 大小不對
4.以vector上的reversa以及設計的forward做PCR
夾出的片段大約為1K
=>應該比1K多一點 大小不對
可是最後我用CDNA與設計的primer去做 就有片段 大小吻合
老師的意見是有可能細菌的genome有相似的片段
我想問的是 大家在做PCR有遇過這種問題嗎
另外如果我想要搜尋E.coli中的genome與primer配對的可能
用NCBI的BLAST功能怎麼搜尋比較好
還是有其他軟體可以幫忙
謝謝
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