Re: [求救] PROMOTER sequence
※ 引述《qqo8855436 (一個人的生活)》之銘言：
: 最近實驗的需求 需要查 promoter sequence
: 主要是要找某個snp位點的rs No.
: 但是我只有 例: G -300 A
: 這樣的資訊
: 不知到要怎麼去確認他的rs No 跟序列
: 請版上的高手 不吝指教 感謝~~€
既然有 -300這個數字就好辦了
你手邊應該有個 Gene Name
至 NCBI查詢那個 Gene落在哪個 chromosome
以及 Gene Start的 chromosome position
再把 Gene start減 300就是那個 rsID的 physical position
之後再用這個 physical position
在 entrez search的地方 Search SNP並參考下面這個格式下搜尋條件
(以下兩行要寫成一行)
(("21"[CHR] AND (39990111[Base Position] : 39990111[Base Position]))
AND "homo sapiens"[Organism])
這個地方要注意其實那個搜尋找的是 chr21:39990112這個位置
entrez search不知道為什麼位置都要減 1 ^
最後再利用 NCBI Mapviewer取得你需要的序列這裡不需減 1(taxid是物種的編號)
(以下兩行也要寫成一行)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/seq_reg.cgi
?taxid=9606&chr=21&from=39990112&to=39990412
最後再提醒一點
這個方法使用前要先確認你手邊那份資料所使用的 Genome Assembly的版本
不同版本的 Genome Assembly所包含的 Genome sequence
或是 Gene start/end有可能會不同
NCBI Human Genome Assembly最近更新到 36.3
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