[求救] EMSA 的基礎問題

看板Biotech (生命科學)作者 (My Ernest)時間18年前 (2008/01/17 13:13), 編輯推噓2(2011)
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最近要幫lab的其他研究生做EMSA 因為他一直做不出來 老師已經失去耐性了 我之前也沒有做過 這兩天在研究potocol 想請教一下大家的意見 首先dsDNA 我看古人的設計只有25bp (之前的postdoc看paper做的) 請公司替我們label biotin之後泡成400uM的濃度 問過隔壁lab的人 他們告訴我就用40 nM forward 50 ul + 40nM reverse 50 ul 所以這樣我的final 濃度就是20nM (這樣對嗎??) 上面蓋上礦物oil 然後放在一個兩L的水中加熱 水滾了之後兩分鐘 讓他自然冷卻 O/N pierce上面建議biotin-labled DNA放4fmoles 所以我就是20nM放 2 ul 就應該會是4fmoles 我的疑問是 大部分的核蛋白都是放多少阿 蛋白和DNA的比例到底是如何制定出來的?? 還有古人設計的25 bp會部會太小了一點阿 會有什麼二集結構的問題嗎?? 我看上面還有很多optimal用的reagents 我是想說先至少看到band再說 請有經驗的大大分享一下經驗 有關於DNA vs protein的比例 想要第一次就做成功阿...... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 75.185.92.118

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我自己的經驗是核蛋白的量要做過測試才知道最適合的量
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每個protein對上不同sequence的結合能力本來就不同
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不過我第一次試的時候放的量分別是 1ug, 3ug, 5ug, 10ug
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給你做參考 祝你實驗順利囉
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喔對了 我想DNA那麼短是不太可能出現二級結構啦
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就算有的話 佔所有probe中的量一定也很少 反正不會被bind
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所以不用擔心囉!
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Oligo的大小通常最高可以到70bp
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但是oligo太長,就必須要用HPLC純化,會貴很多
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不然就是要自己跑膠純化
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此外 probe越長,可能會有不只一個蛋白質跟DNA結合
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如果不是oligo,而是用DNA fragmet當probe,最長可以到250b
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更長就會因為太多protein binding而很難得到什麼資訊
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文章代碼(AID): #17ZkFx6x (Biotech)
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