[求救] 抽取plasmid遇到的疑問
最近對於抽取plasmid感到有點困惑,
我做的是細菌抗藥性基因的實驗,
之前曾用傳統PCI的方法抽細菌DNA,
然後去跑PCR確認我的菌株有該抗藥性基因,
因為想要確認該抗藥性基因位於plasmid或是chromasol上
所以使用了Genemark牌的plasmid midi kit抽該菌的plasmid
然後再去跑PCR,一樣出現陽性PCR產物,
這樣我可以確認該基因位於plasmid上嗎?
我的疑問是,當使用kit抽取plasmid後,
直接去跑電泳,除了會看到plasmid的band外,
在大約23kb的位置都會出現chromasol fragment,
這個chromasol fragment會不會干擾PCR的結果?
會不會其實我的PCR陽性產物的template是chromasol fragment
而不是plasmid?
我問了一些人,大家都說使用plasmid kit抽的出的plasmid跑PCR
出現陽性產物就代表該基因位於plamid上,可是總覺得哪裡怪怪的...
(我曾試用Southern blot想解決這個問題,但好像plasmid太大(40kb左右)
也或許是copy number太少,總之是失敗了)
不知道有沒有人能給我一些意見~
先謝謝大家了~
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