Re: [求救] 生技公司的sequnce價錢

看板Biotech (生命科學)作者leftt (left)時間18年前 (2008/06/13 10:52)推噓3(3推 0噓 1→)

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一開始我就猜環境檢體可能是水... 不知道為什麼只是直覺吧給你一個案例參考以前看過某實驗室計畫作水源的隱孢子蟲污染實驗結果他們必須採集的檢體數量幾乎是要過濾掉一整個水庫的水量才能夠收到足夠的檢體進行後續實驗大概就是拿一個濾網在水源出口經過天長地久之後才去收回最後抽DNA用PCR去鑑定數量跟種別 -->這個實驗的設定還是有特定目標要鑑定的個人覺得你們的實驗有點問題如果我是你們的committe成員計畫大概會不給過想鑑定細菌用PCR後續clone的方式不是很好用如前面有人推文說過也許用選擇性培養基的方式是比較好第一個是你們不知道可能有哪些細菌前面你說過用培養的可能會有預設的偏見那難道你用PCR設計primer 就會沒有預設的偏見嗎沒有預設可能得到哪些菌株你要怎麼設計primer 有根據特定菌種設計了primer 那就跟你選擇特定培養基一樣也都是預設的偏見啊就算你使用random primer好了夾出一堆亂七八糟的產物通通送進vector裡面去然後用vector primer一個一個作sequencing 那不就跟人家作EST 一樣動輒得數千上萬條sequence才會有生物學上的意義但是這樣做的預算可是以千萬為單位計算的你們想作的是水樣品裡面特定的菌種還是裡面的菌譜呢作特定菌種那簡單設計幾條primer夾夾就結了作菌譜那可是大工程你說一個樣點一兩萬可以考慮但是只有一兩個樣點的實驗結果根本不足信數十個樣點我想高中科展應不足以支付這樣的預算不知道這邊有沒有array的行家其實如果有 microbial array chip 一片就全部搞定了不過用市售的array chip作科展似乎怪怪的而且我在想這樣的實驗一定有人做完發表過了 Orz 最後想偷偷提醒你一下如果你們的PCR產物夠專一根本不必作clone和enz digestion 連純化都免就可以送樣品作sequencing了啊在實驗室的經歷很重要切勿小覷 ※ 引述《puec2 (^^y)》之銘言： : ※ 引述《acor (丸子)》之銘言： : : 很抱歉~~沒有寫得很清楚(排列不好) : : 1.請生技公司從抽ＤＮＡ　ＰＣＲ　cloning　and enzyme digestion and 定序 : : 全作的價錢 : : 2.環境樣本是水 : : 3.含有物種的種類有多少? 每個單一物種可能數量有多少? 皆未知 : : 4.鑑定的物種為何? 細菌 : : 5.是否已有預設可能會找到哪些物種? 沒有(所以應該PCR會放下一推primer吧) : : 6.因為實在有太多工具和耗材都沒有 (且金額有限) : : 所以想要只做"一點樣點"送給科技公司 (這樣就不用買工具和耗材放著屯) : : 7.這個實驗不是主題只是想要更加完整內容 : : 我們想過一個樣點大概如果是一萬元-兩萬元 (就會想要試試看~~) : : CC~~~(沒人知道答案嗎? 還是生技公司沒有在作) : 這讓我想到Craig Venter之前來演講的東西。他們到海上撈一桶海水起來，就開始抽 : DNA然後用chip去看裡面有多少種類的細菌。你們也是想做類似的事情吧？ : 我猜你的意思應該是 : sample-->DNA-->PCR-->TA cloning-->Pick colony-->Plasmid purification-->seq. : 據我所知很多公司都有提供代客cloning的服務，我沒記錯的話一個construct要 7~8千。 : 所以起跳應該就是7~8000。要再加多少錢，其實是要看你想看多少顆colony。定序一個 : colony 300~400。看得少了，這實驗就沒意義，因為沒有代表性。看得多了，花得錢多， : 而且萬一不幸裡面的菌的種類很少，一堆重複的，奇蒙子又不好。自己斟酌囉。 : http://www.sorcerer2expedition.org/version1/HTML/main.htm -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.231.49.239