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[求救] 請問promoter位置的推算 (已爬文)

看板Biotech (生命科學)作者 (GO PUNK!)時間17年前 (2008/09/18 01:16), 編輯推噓1(1推 0噓 4→)
留言5則, 2人參與, 最新討論串1/1
之前要做promoter methylation的實驗 必須design BSP 學姐跟老師教我的時候 是先到NCBI裡找基因的方向(熊熊忘記專業的說法該怎麼說^^|||) 然後從基因讀的方向反推約2000 bp的序列 在將這個序列丟進Methprimer去找CpG island跟設計primer 我的問題是... 為什麼是反推2000 bp呢? (好像有人是反推1000bp) 那2000 bp的序列就一定包含此基因promoter的序列了嗎? 因為我一直認為這長度就一定可以含promoter序列了... 最近要找一個基因是否他的promoter有特殊的transcription factor binding site 所以我就用同樣的方法 不同的只是把序列丟到TF binding site的database去search 但得到的結果跟人家發表過的結果不一樣 >0< 後來我找到ㄧ個gene promoter的database http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=searchPromForm 把我的基因名稱丟進去後發現... 他跑出來的promoter序列比我推算的2000 bp還後面 而這個序列就有包含paper做過的那個TF binding site了 所以... 不管是要設計BSP還是找TF binding site 都要先找出或predict promoter的位置跟序列嗎? 有點落落長.... 感謝大家解答....呼.... -- REVOLUTION REVIVAL UNDER GROUND OF K.H -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 59.120.112.102
推
09/18 17:16, , 1F
目前預測技術無法準確預測promoter 的位置
09/18 17:16, 1F
→
09/18 17:17, , 2F
TF結合位置預測也很準確 且軟體不同結果也不同
09/18 17:17, 2F
→
09/18 17:20, , 3F
預測基因啟動子範圍也只是大略猜測長度 猜個範圍而已
09/18 17:20, 3F
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09/18 17:22, , 4F
2F寫錯, @.@ 無法很準確
09/18 17:22, 4F
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09/18 22:42, , 5F
謝謝:) 目前大概知道問題出在哪了...
09/18 22:42, 5F
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