PTT職涯區 / Biotech (生命科學)

[求救] snp所在或鄰近的基因

看板Biotech (生命科學)作者 (請叫我呼呼狗 旺旺)時間17年前 (2008/09/19 17:06), 編輯推噓5(5推 0噓 9→)
留言14則, 6人參與, 7年前最新討論串1/1
我想要求救生物資訊比較厲害的版友一個問題>///< 假設今天我知道一個SNP 例如rs728370 也知道他在第幾條染色體 現在我想要查出它的physical location 還有它在的基因或者最接近的基因是哪一個 以及它相對於該基因的位置(例如位於promoter 還是位於下游coding區等) 請問我需要用什麼搜尋引擎或者網站資料庫比較能快速找到我想要的東西呢? (詳細做法指示?) 希望有好心的人可以為我解答 我手上有50個snp需要查>//< 但對生物資訊這方面的東西都不太了解 很謝謝你們的幫忙! (_ _) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.75
→
09/19 17:18, , 1F
請問物種?如果不是完全解序的有難度...
09/19 17:18, 1F
推
09/19 18:47, , 2F
試看看NCBI裡的SNP database?
09/19 18:47, 2F
→
09/19 21:33, , 3F
是人類的,今天有嘗試用ncbi,可以查到該序列所在的位置
09/19 21:33, 3F
→
09/19 21:33, , 4F
我在想是不是可以在由位置反查回去基因? @@
09/19 21:33, 4F
→
09/19 21:34, , 5F
因為位置都是physical location 只由一個數字表示
09/19 21:34, 5F
推
09/20 03:34, , 6F
http://www.binfo.ncku.edu.tw/snp/ 這個database用用看
09/20 03:34, 6F
推
09/20 12:06, , 7F
NCBI裡有項是GeneView應該就是指位於哪個基因上
09/20 12:06, 7F
→
09/20 12:07, , 8F
沒有的話應該就是這個SNP沒有在已知的基因上...吧?
09/20 12:07, 8F
推
09/20 12:10, , 9F
或是看看用這個 http://snp500cancer.nci.nih.gov/
09/20 12:10, 9F
→
09/21 11:01, , 10F
真的很謝謝!!! 很棒的資訊~ ^^
09/21 11:01, 10F
推
09/22 20:51, , 11F
推http://snpper.chip.org/ 很好玩的SNP網站
09/22 20:51, 11F
→
09/22 20:52, , 12F
雖然要註冊才能用。不過，它是免費的，不玩可惜。
09/22 20:52, 12F
→
11/11 00:59, , 13F
試看看NCBI裡的SN https://daxiv.com
11/11 00:59, 13F
→
01/03 16:45, 7年前 , 14F
真的很謝謝!!! 很棒 https://noxiv.com
01/03 16:45, 14F
‣ 更多 momo1210 的文章
文章代碼(AID): #18qskoWs (Biotech)
Biotech 近期熱門文章
更多 近期熱門文章 >>
PTT職涯區 即時熱門文章
更多 即時熱門文章 >>
‣ 更多 momo1210 的文章
文章代碼(AID): #18qskoWs (Biotech)