[求救] 關於splicing form的問題~
最近老闆突發奇想...想從許多candidate gene中
觀察是否在不同癌細胞株內有不同splicing form的存在
因此我們設計了許多primer去夾那些gene的coding region
接下來問題來了...
1.許多gene除了預設大小的band以外，還有一些其他的大大小小片段也被p了出來
如果拿那些片段去定序，結果會Blast到不同chromosome上面的其他gene
除了primer可能不專一以外，有別的解釋嗎?!
2.有一些gene，p出來的major band很明顯就是那一條，但大小與預測的不符，定序後
也是對到其他的gene，但一開始用primer Blast結果是無誤的，這要怎麼解釋?!
(舉例：此gene我是一開始是去夾全長(2100bp)，結果p出來的band大約是500bp
切下來定序後99%對到另一個gene；之後重新設計primer，改夾CDS，卻又能夾到
原來想p的gene)
謝謝高手們的解答~感激不盡~
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