[求救] DNA sequence alignment

看板Biotech (生命科學)作者 (成長)時間17年前 (2008/11/23 14:00), 編輯推噓4(403)
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我有16個序列想要比較相似度 Identity 但是一個一個去比實在太慢了 所以我用emma 還有 CLUSTALW 把16個序列一起丟進去比 結果出來的結果是用score表示 例如 Sequences (1:2) Aligned. Score: 81 我不太懂score的意思 它可以換算成identity 嗎?? 因為我1和2的敘列用needle去跑是38.8% 用water去跑是63.3% 那我要怎麼用Multiple Sequence Alignment 去得到identity呢? 謝謝^^ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 219.81.146.247

11/23 20:29, , 1F
http://align.genome.jp/ 這算出來的score約略就是相似度%
11/23 20:29, 1F

11/23 20:30, , 2F
才16條就慢慢做吧!!反正在教授心中學生最多的就是時間 XD
11/23 20:30, 2F

11/23 20:54, , 3F
而最少的就是 positive data....orz
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11/24 07:33, , 4F
nono... score和Identity有正相關但絕對不是相等
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11/24 07:34, , 5F
這講起來很複雜, 建議原po去問老師比較快
11/24 07:34, 5F

11/25 12:19, , 6F
clustalw我沒用過 不過clustalx就可以直接看identity和
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11/25 12:19, , 7F
similarity
11/25 12:19, 7F
文章代碼(AID): #19AF66fF (Biotech)
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