[求救] southern的問題

看板Biotech (生命科學)作者 (金蕉)時間17年前 (2009/04/07 11:09), 編輯推噓6(6017)
留言23則, 5人參與, 7年前最新討論串1/1
請教版上各位前輩 我正在做southern 測定mouse的DNA片段 可是效果一直很差 很不穩定 有時酵素切不動 雜交也不完全 每次做的結果都不大相同 = =a 以下是實驗步驟和條件 切酵素: total :200 ul DNA:5 ug (大約7 ul) 酵素:分別是 EcoRI HindIII BanHI 分三管各2ul bfr:20 ul 作用溫度:37度 時間:18~24小時 有時候切的動 有時切不動... 之後會用isopropanal 和70% 酒精 沉澱純化 回溶在15 ul的2D水 步驟: 1.加入3M NaoAc 10 ul及ice isopropanal 200 ul 2.置於-80度 20min 3.4度C 高速離心 15min後去除上清液 4.加入70%酒精 200 ul 輕輕搖晃30次左右 5.4度C高速離心 15min 去上清液 6. air-dry後溶於2D水 純化後都有跑膠測試,看起來都沒問題 之後就直接跑大片膠轉膜了(用的是Assembling the Transfer unit,用抽氣機) 雜交是用Roche的Kit 請問...這樣看的出有什麼問題嗎? 個人認為 酵素切不動是不是總體積太小? 還有...有什麼因素會影響到雜交呢?(除了溫度以外) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.130.98.90

04/07 11:19, , 1F
請問用幾U酵素去切?
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04/07 11:28, , 2F
NEB的酵素 2 ul的量大約是40U
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04/07 11:30, , 3F
純化之後跑膠都沒問題...那你怎麼會認為是切不動?
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04/07 11:34, , 4F
抱歉 語意不清<(_ _)> 每次切都會有幾管sample還可
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以看到band 然後因為實驗沒辦法停就繼續做...其他管
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的sample(有切動的)純化看似正常
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體積不會是問題,我total才15ul,也沒有失敗過,會不會是酵素
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04/07 12:26, , 8F
加太多,因為我10ug的genomic DNA用10U的酵素切就很漂亮了
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04/07 13:56, , 9F
有沒有切開雜交都要看的到東西。
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04/07 16:32, , 10F
以你這3管NEB酵素而言切gDNA應該都很輕鬆,請問如何取gDNA?
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還有切完到跑膠轉膜應該有很多點可以停,不仿確定樣品OK再轉
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04/07 16:36, , 12F
切不切得完全會影響雜交效益,不如確定每一步再作下去...
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04/07 16:49, , 13F
還有個問題,切完不都會跑膠確定是否切完全?純化看似正常指?
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然後一個建議,gDNA要加15ug以上去做比較好,太少會有lost問題
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04/07 17:44, , 15F
加上未加酵素的共有8個sample,有的很明顯還有band
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純化後跑的gel就像一般酵素切完的樣子(沒切動的也還
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是那樣有band出現 DNA是用promega的kit抽的
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04/08 10:27, , 18F
如果你意思是有切跟沒切純化後跑膠pattern一樣,但是southern
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結果出來不一樣 1.使用southern probe相同但是結果不同=技術
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問題 2.使用不同probe=>這沒啥好講,就是不同 3.組織不同但
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是probe相同=>可能是methylation的影響
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11/11 01:23, , 22F
如果你意思是有切跟沒切 https://noxiv.com
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01/03 16:53, 7年前 , 23F
是probe相同=>可 https://muxiv.com
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文章代碼(AID): #19siFxgz (Biotech)
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