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[求救] primer3網站版的使用方法?

看板Biotech (生命科學)作者 (Bagel貓)時間16年前 (2009/12/09 21:32), 編輯推噓1(1推 0噓 13→)
留言14則, 2人參與, 7年前最新討論串1/1
對於設計Primer還是新手，之前完全沒接觸過 實驗室也沒有學長姐可以問= =" 我看到有篇paper的作者用primer3這套軟體設計primer 後來上網搜尋發現有網站版(如下) http://frodo.wi.mit.edu/primer3/ 但是我不知道該如何使用 是這樣的.. 我手邊有一些sequence(每一段都是50-bp) 我想要將那50-bp慢慢切，切到Tm值介於57~62度 然後找出Tm值在57~62度之間的sequence 再進一步去做PCR 但是我不知道該如何使用primer3 想請有經驗或做過primer的人教教我該如何做 謝謝，感激不盡：) -- http://www.wretch.cc/album/ilpoch -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 123.192.15.247
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12/14 01:57, , 1F
上NCBI>>gene>>找到target gene 注意"物種"
12/14 01:57, 1F
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12/14 02:01, , 2F
NC_XXXXXX.X >>選fasta >>將整段序列貼到primer3的大框框
12/14 02:01, 2F
推
12/14 02:04, , 3F
再將你的primer貼到left primer和right primer格子中
12/14 02:04, 3F
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12/14 02:05, , 4F
最後在下面的General Primer Picking Conditions選條件
12/14 02:05, 4F
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12/14 02:08, , 5F
OK後就送出, 系統會告訴你primer的GC% Tm值 等資訊
12/14 02:08, 5F
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12/14 02:09, , 6F
若Tm值太高就回上一頁, 刪去1個basepair 再送出
12/14 02:09, 6F
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12/14 02:11, , 7F
慢慢修改到你要的Tm值, 系統還會顯示primer是否自黏,或
12/14 02:11, 7F
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12/14 02:12, , 8F
dimer的情形, 大致來說left, right primer Tm值<1度最好
12/14 02:12, 8F
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12/14 02:13, , 9F
其他數值約<4即可(個人經驗啦)
12/14 02:13, 9F
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12/14 02:14, , 10F
若怕有2及結構阻擋Tag或其他酵素的前進, 可加2~4%DMSO
12/14 02:14, 10F
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12/14 02:15, , 11F
效果也不錯, 而在設計PCR cycle時, annealing溫度約是
12/14 02:15, 11F
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12/14 02:16, , 12F
primer3給的再降個3~5度即可
12/14 02:16, 12F
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11/11 01:52, , 13F
慢慢修改到你要的Tm值 https://noxiv.com
11/11 01:52, 13F
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01/03 17:03, 7年前 , 14F
其他數值約<4即可(個 https://daxiv.com
01/03 17:03, 14F
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