[求救] Phylogenetic tree之後續分析應用

看板Biotech (生命科學)作者 (Besilence)時間11年前 (2014/03/17 00:00), 編輯推噓2(209)
留言11則, 5人參與, 最新討論串1/1
首先謝謝各位高手願意右轉此篇文章...... 事情是這樣的, 目前手上有一條已知序列,利用BLASTX及ClustalX 已找出與該序列相似度較高的其它胺基酸序列 請問各位會依此發展出何種較有研究份量的分析應用呢? 老闆說可以比較不同物種之高保留度的domain或motif......then? 因為碩班畢業時間迫在眉睫,bench work是暫不考慮了 希望能用生物資訊,大量整理文獻的方式生出個data 懇請各位高手給些意見了,萬分感激不盡! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.24.254.214

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你這序列是已知的gene還是未知的gene?你要看的方向是?
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演化?可能功能角色?結構?
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比對後已可推測該gene與abc transporter相關;請問以功
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能或結構上來說,還能用這些比對做出哪些的data呢?
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abc的功能實在太廣泛了 就朝一個想要的方向多嘴砲
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朝一個方向 @w@ trans 或 cis 這種嗎? >///<
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1. 找在abc transporter上做突變探討功能的paper
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2. 比對你的gene在相對應的位置上是什麼氨基酸
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3. 根據特定點氨基酸種類的異同,討論你的基因的可能功能
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有認識人的話,可以取一段與已知結構蛋白質序列相似的
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motif出來做modeling XD
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文章代碼(AID): #1J9SgKq- (Biotech)
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