[求救] 用REAL-TIME PCR偵測CNV

看板Biotech (生命科學)作者 (sylvia)時間11年前 (2014/03/27 21:47), 編輯推噓1(102)
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不曉得有沒有人用過real-time pcr detect CNV (copy number variances) 目前是用sybr green (taqman太貴無法負擔) 但是疑似是one copy的gene有variation ex. reference gene 4倍dilution: Ct-19, 21, 23 target gene 4倍dilution: Ct-19.03, 21.03, 23.03 老闆argue說為什麼有variation 去看別的Paper 大部分的paper都只有看efficiency(看斜率)還有R2, 有些有提到測試不同濃度的primer (100nM-900nM),取最低的Ct還有斜率最好的直線 可是我今天試了不同濃度primer (200-900nM), 有的primer自己會差到一個cycle 想請問有做過cnv的大家都怎麼解決variation的問題 謝謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.29.236 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1395928032.A.EC1.html

03/29 07:08, , 1F
改用飽和螢光試試 去跟biorad要eva green試
03/29 07:08, 1F

03/29 07:09, , 2F
因為用sybr當low或high CT時不一定能代表copy number. eff
03/29 07:09, 2F

03/29 07:10, , 3F
不會接近2 用飽和螢光的話初始變化較明顯
03/29 07:10, 3F
文章代碼(AID): #1JD2lWx1 (Biotech)
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