[討論] protein-protein interaction研究方法

看板Biotech (生命科學)作者 (cdkcyclin)時間11年前 (2014/05/12 06:51), 編輯推噓5(503)
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各位版友大家好,想請教一個關於研究protein-protein interaction的想法。 我的疑問是這樣的,我推測A protein是一個hydroxylase, 然後我想知道A protein是否與EGFR相互結合(目前尚不論A是否hydroxylate EGFR), 當然,最一開始的想法就是用IP來證明。 但從我的實驗結果,我並沒有看到A與EGFR的direct interaction, 反倒是當我用mutant A protein(將活性部位突變,使其失去活性)時, 才看到有EGFR的結合。 我不能否認此突變,也許反而造成A與EGFR的結合,但從另一個角度思考,是否因為A與 EGFR結合作用的反應相當快速,因此很難從wild type的A直接看到與EGFR的結合。若真是 如此,還有什麼其他的法法可以解決我的疑問呢? 我目前的想法是,第一,我不用突變的方式來抑制A的活性,因為這樣也許會使其結構產 生改變,我改用hydroxylase inhibitor來處理細胞,將兩者結合之後,抑制接下來的 hydroxylation。第二,直接做Mass spectrometry,偵測EGFR是否被hydroxylation。 如果有版友有類似的實驗經驗,希望可以給我一些意見,謝謝大家!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 95.117.101.206 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1399848681.A.C32.html

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想到的實驗是yeast tw hybrid system 但我沒做過
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05/12 09:42, , 2F
proximity ligation assay
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FRET
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如果是hydroxylase的話 egfr上面應該要有能被反應的
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05/12 11:56, , 5F
aa吧 然後有可能從substrate來看嗎?
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05/14 23:52, , 6F
Surface plasmon resonanceꀨSPR) 可以試看看
05/14 23:52, 6F

05/15 04:21, , 7F
要避免偽陽(陰)性問題~可能做Mass會比較清楚吧?
05/15 04:21, 7F

05/29 12:11, , 8F
mass spec最直接
05/29 12:11, 8F
文章代碼(AID): #1JR_xfmo (Biotech)
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