[求救] 關於PCR的問題

看板Biotech (生命科學)作者 (yawenchou)時間11年前 (2014/05/24 13:16), 編輯推噓5(501)
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我到實驗室之後接手了一種KO mice, 之前學姊在處理這種老鼠的genotype鑑定上就常常出現問題, 到我手上也是只要當genomic DNA濃度一不在範圍內就會跑不出來, 甚至就連當要load sample的膠放進去1X TBE裡面, 只要蓋過膠就有可能跑不出來, 最扯的就是當sample一多換成小齒梳, 就更有可能跑不出來; 今天又出現了我無法處理的狀況, 明明prositive control我已經做出好幾次是heterozygous的結果, 但是今天一整個翻盤耶=_= 為了避免又smear, 我用了兩組positive control, 結果一組在WT的地方沒東西, MU的地方卻有東西, 第二組卻都有跑出來, 而且band都很清楚, 我想請問這到底是什麼問題?! 我覺得我已經快要被這種transgenic mice給搞瘋了-..- 每次genotyping都要拖好久, 從來沒有爽快結束過FK, 我曾想過會不會是primer stock濃度出現問題所以才造成這種結果...... 因為之前有一陣子WT就是死都跑不出來=_= 請問有人有類似經驗嗎? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.122.136.69 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1400908603.A.B1B.html

05/24 15:30, , 1F
1. dna濃度很有關係 2.換個taq 3.回查mating歷史
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05/24 15:32, , 2F
我覺得這pcr應該還沒最佳化..多試試條件吧
05/24 15:32, 2F

05/24 15:33, , 3F
除了pcr以外..用probe作snp genotype也可考慮
05/24 15:33, 3F

05/24 16:20, , 4F
請問是wt, ko, reverse三個primer一起跑嗎?如果是的話,
05/24 16:20, 4F

05/24 16:22, , 5F
可以試著分開跑,我有遇過wt ko primer會競爭的情況
05/24 16:22, 5F

05/25 00:40, , 6F
換成小齒梳 loading dna總量一樣嗎?濃度太低會很暗
05/25 00:40, 6F
文章代碼(AID): #1JW2ixiR (Biotech)
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